وسط جمعٍ من عائلته ومحبيه وحشد من علماء الدين والشخصيات السياسية، شُيِّعَ العلامة المحقق الشيخ محمد جعفر شمس الدين في حسينية آل البيت عليهم السلام – الطيونة،
بعد رحلة طويلة قضاها في خدمة الدين والتبليغ ونصرة الحق، ليترك رحيله أثراً في الحوزة العلمية وخسارة للفكر الإسلامي، بحسب ما أكد لإذاعة النور المفتي الجعفري الممتاز الشيح أحمد قبلان.
العلامة الراحل كانت له بصمة مميزة في تربية الجيل الجديد، هذا ما أكده رئيس المجلس التنفيذي في حزب الله الشيخ علي دعموش، فالمحقق الراحل من العلماء الأجلّاء الذين ساهموا بشكل كبير في تربية جيل رسالي، وبرحيله فقدت الأمة سنداً للمقاومة.
وعن الدور التبليغي للراحل، قال أحد تلامذته: "نفتقد مثل هذا العالم الجليل في أيامنا، ونحن بأمس الحاجة إلى علماء يقفون إلى جانب الناس والمجاهدين".
وبعد تقبل التعازي برحيله، صُلّي على جثمان العلامة شمس الدين قبل أن يُنقل إلى النجف الأشرف في العراق لمواراته في ثرى مقبرة وادي السلام.
